クリニックによって費用の差がありますが、何か違いがあるのでしょうか？

レーシック手術は病気の治療ではないために、保険が認められておりません。
保険が利かないものは「自由診療」と呼ばれ、レーシックもそのうちに含まれます。
自由診療の場合、各クリニックで料金を自由に設定することができ、同じ手術であってもクリニックによって費用の違いが生じるのはそのためです。